使用目的不同：生物安全實(shí)驗（experiment)室是為了保護操作者和實(shí)驗（experiment)室外的人員不受感染。實(shí)驗室建設實(shí)驗室布局按照安全要求合理地劃分成清潔區、半污染區和污染區，采用人與物分別設置專(zhuān)用通道，設置必要的緩沖間，采用一次隔離和二次隔離等措施，能有效的避免交叉污染，從根本上防止危險性微生物的擴散。實(shí)驗室凈化無(wú)菌試驗室、生物安全實(shí)驗室必須保證人身安全、環(huán)境安全、廢棄物安全和樣本安全，能長(cháng)期而安全地運行，同時(shí)還為需要實(shí)驗室工作人員提供一個(gè)舒適、而良好的工作環(huán)境。生物安全控制（control)。普通潔凈實(shí)驗室是為了保護產(chǎn)品不受污染。室內環(huán)境控制（control)。
實(shí)現方法不同：生物安全實(shí)驗（experiment)室相對大氣為負壓，對室內壓力及相鄰房間的壓力梯度嚴格控制（control)，控制（control)室內氣流流向。采用全新風(fēng)送風(fēng)，排風(fēng)及送風(fēng)均采用雙風(fēng)機(Draught Fan)系統，一用一備，自動(dòng)投入運行。排風(fēng)系統要加HAPE過(guò)濾器(作用:過(guò)濾雜質(zhì)等)。自控要求較高。普通潔凈實(shí)驗（experiment)室相對大氣為正壓且壓力差值較小，對室內壓力及相鄰房間的壓力梯度控制要求較低。一般采用新風(fēng)+回風(fēng)的送風(fēng)系統，送風(fēng)及排風(fēng)系統均不用風(fēng)機(Draught Fan)。排風(fēng)系統不加HAPE過(guò)濾器(作用:過(guò)濾雜質(zhì)等)。自控要求相對較低。
運行模式不同：生物安全實(shí)驗（experiment)室的運行模式一般有正常運行模式、值班運行模式、消毒運行模式；根據實(shí)驗（experiment)室使用方式及消毒方法的不同，對室內的條件控制（control)及風(fēng)量(定義:單位時(shí)間內空氣的流通量)控制（control)有所不同。潔凈實(shí)驗室由于潔凈實(shí)驗室-生物安全實(shí)驗室內操作對象是危險性的微生物，對人體、動(dòng)植物或環(huán)境具有危害，必須通過(guò)采用合理的空氣調節系統，保持潔凈實(shí)驗室-生物安全實(shí)驗室的相對負壓環(huán)境無(wú)論何時(shí)都不被破壞，以保證實(shí)驗室內危險性微生物不能向外部環(huán)境中擴散。一般潔凈實(shí)驗室的運行模式一般僅有正常運行模式，要求條件高的項目才會(huì )有值班運行模式，一般不會(huì )考慮（consider)消毒運行模式。